Io uso una scheda ATX e ho montato un blocco ad acqua per la CPU e funzionano benissimo, c'è anche uno spazio extra più che sufficiente a destra e in alto non è influenzato dalla scheda madre, per quanto ne so l'E-ATX ha la stessa altezza e più larghezza.
Quindi direi che non dovresti avere problemi con il montaggio del radiatore sulla parte superiore e anteriore.
Ecco una foto della mia configurazione (scheda ATX + radiatore 480 in cima) e come puoi vedere, hai ancora molto spazio di manovra :)
Immagine:
https://imgur.com/a...
Spero che questo possa aiutarti un po' :)
Divertiti con l'assemblaggio :D