L'objectif est conçu pour les appareils photo Nikon Z à plein format (FX), mais il est entièrement compatible avec les appareils photo Nikon Z au format APS-C (DX). Lorsqu'il est utilisé sur un appareil APS-C, il offre une longueur focale équivalente d'environ 60 mm, ce qui le rend également adapté à ces appareils. Il fonctionne donc sur les appareils APS-C, mais avec un champ de vision légèrement différent de celui des appareils plein format.
Oui, le Nikon NIKKOR Z 40mm f/2 SE est compatible avec le boîtier Nikon Z9. Ce objectif utilise la monture Nikon Z, qui est la même monture utilisée par le Nikon Z9, ainsi que par d'autres appareils photo hybrides de la série Z de Nikon.